Кафедра цитологии, гистологии и эмбриологии является одной из старейших в Медицинском институте. Свою историю она начинает с года открытия факультета. Приказом Министра высшего и среднего специального образования РСФСР № 166 от 28 апреля 1968 г. создана кафедра анатомии и гистологии. 28 января 1969 г. приказом Министра высшего и среднего специального образования РСФСР № 152 образована отдельная кафедра цитологии, гистологии и эмбриологии. Становление кафедры и начало организации учебного процесса проходило под руководством профессора Колосса Е. И. и доцентов Шеяновой Г. М. и Братцева Н. Ф. Приказом ректора МГУ им. Н. П. Огарева № 458 от 01.03.95 создан курс медицинской биологии при кафедре цитологии, гистологии и эмбриологии. С конца 80-х годов работу кафедры возглавлял выпускник медицинского факультета доктор медицинских наук — основоположник научной нейрогистологической школы Мордовии — профессор Сосунов Александр Алексеевич. Благодаря своим работам он получил широкую известность среди отечественных и зарубежных нейроморфологов. Сегодня А. А. Сосунов продолжает свои научные изыскания в Колумбийском университете (г. Нью-Йорк, США) и поддерживает тесную связь с родной кафедрой. При кафедре функционировала лаборатория электронной микроскопии, организованная в 1979 г. Её основателем и руководителем долгие годы являлся профессор Кругляков Павел Павлович. Лаборатория была своеобразным центром исследований в области нейробиологии и морфологии сердечно-сосудистой системы. На базе лаборатории электронной микроскопии выполняли свои исследования не только сотрудники медицинского института и университета, но и многие специалисты из других городов России по разнообразным направлениям микроморфологии. Сегодня эта лаборатория реорганизована в Лабораторию микроскопии, которая располагается в виварии МГУ им. Н. П. Огарёва. С 2006 года кафедрой руководит доктор биологических наук профессор Балашов Владимир Павлович. Курс медицинской биологии, созданный при кафедре в 1995 году, в настоящее время возглавляет к.б.н., доцент Евстифеева Инна Александровна.

По базовому образованию, по уровню научно-педагогической подготовленности преподавательский состав кафедры соответствует требованиям и содержанию подготовки по преподаваемым дисциплинам. Преподаватели постоянно работают над повышением своей квалификации и педагогического мастерства, выступают на Всероссийских и международных конференциях.

Кафедра цитологии, гистологии и эмбриологии с курсами медицинской биологии и молекулярной биологии клетки обеспечивает преподавание следующих дисциплин: а) «Гистология, цитология, эмбриология» специальности «Лечебное дело», «Педиатрия», «General Medicine» б) «Теоретические основы медицины» — специальности «Лечебное дело», «Педиатрия», «General Medicine», «Стоматология», «Фармация» в) «Основы эпидемиологии и профилактики паразитарных заболеваний человека» специальности «Лечебное дело», «Педиатрия», «General medicine», «Стоматология» 7) «Гистология, цитология, эмбриология — гистология полости рта» по специальности «Стоматология». Кафедра разработала актуальные программы по дисциплинам, фонды оценочных средств, on-line курс по общей гистологии. Содержание рабочих программ соответствует целям и задачам подготовки специалистов по специальностям «Лечебное дело», «Педиатрия», «Стоматология» и «Фармация» и «General medicine» с учетом приоритетов высшего образования. Активно проходит цифровизация учебного процесса с внедрением технологий виртуальной микроскопии.

Учебный процесс по дисциплинам кафедры обеспечен необходимой учебной литературой в достаточном объёме.

На кафедре ведется подготовка по программе аспирантуры. Научные исследования проводят три доктора биологических наук и три кандидата наук. Проводятся циклы повышения квалификации педагогов кафедры.

Сотрудники кафедры принимают активное участие в общественной жизни института, университета и города. Заведующий кафедрой — Балашов Владимир Павлович — является членом редколегии журнала «Морфологические ведомости» и возглавляет Мордовское отделение всероссийского научного общества «анатомов, гистологов и эмбриологов».

Местонахождение кафедры: г. Саранск, ул. Ульянова, 24, Корпус № 11, аудитории №№ 109−111, 114, 309, 311, 313−318, 320, 322, 324;
Местонахождение курса медицинской биологии: г. Саранск, ул. Ульянова, 26 «а», Корпус № 13, аудитории №№ 202, 204, 205, 208, 209 и 2А.