Кафедра систем автоматизированного проектирования (САПР) была создана в 1984 г. на базе сектора САПР вычислительного центра университета. В 1985 году сектор САПР вошел в состав новой кафедры как научное подразделение.

Основателем и первым заведующим кафедрой является доктор технических наук, профессор Белов Владимир Федорович. В настоящее время кафедрой заведует кандидат технических наук доцент Шамаев Алексей Валентинович.

Первыми преподавателями кафедры были:
1. Румянцев Анатолий Александрович (1985 -1986 гг.)
2. Чертанов Геннадий Иванович (1985 -1988 гг.)
3. Кочугаев Петр Николаевич (1985 -1986 гг.)
4. Шабанов Геннадий Иванович (с 1985 по настоящее время)

В разное время на кафедре работали:
Абрамов Ю. А., Матявин С. А., Левин А. В., канд. техн. наук Кустов М. В., канд. техн. наук Волков Ю. Д., канд. техн. наук Фоминов А. Г., Стукалов В. Н., канд. техн. наук Еникеев О. А., канд. техн. наук Монтвелишский М. Б., канд. техн. наук Мелешкин А. С., канд. техн. наук Зазыгин П. В., канд. техн. наук Аболемов Е. Н., канд. физ.-мат. наук Логинов Д. В., канд. физ.-мат. наук Белов И. В., канд. физ.-мат. наук Борисов М. А., канд. физ.-мат. наук Попов А. В.

В настоящее время на кафедре работают:
2 доктора наук, профессора;
8 кандидатов наук, доцентов (включая 1 внешнего совместителя);
1 старший преподаватель;
2 преподавателя (включая 1 внешнего совместителя);
4 ассистента (включая 1 внутреннего совместителя);
ведущий инженер;
старший лаборант.

Кафедра осуществляет подготовку студентов на факультете математики и информационных технологий, а также в 5 институтах университета по 24 направлениям подготовки и специальностям. С 2012 года кафедра является выпускающей по направлению подготовки 09.03.04 Программная инженерия (уровень бакалавриата), а с 2017 — также по направлению подготовки 09.04.04 Программная инженерия (уровень магистратуры).

Профессора кафедры ведут подготовку научных и научно-педагогических кадров в аспирантуре по научной специальности 1.2.2 Математическое моделирование, численные методы и комплексы программ.

На кафедре выполнены и защищены 2 докторские и 5 кандидатских диссертаций, изданы 4 монографии. Кафедра активно развивает связи с производством, ведет международную деятельность.

Преподаватели, программисты, аспиранты и студенты, работающие и проходящие обучение на кафедре являются исполнителями НИОКР, выполняемых на предприятиях, специализирующихся на производстве программного обеспечения Республики Мордовия.