Мордовский университет является одним из ведущих научных центров Российской Федерации, исследования ведутся по 22 отраслям наук, по 7 из 8 Приоритетных направлений развития науки, технологий и техники Российской Федерации. Сложились и развиваются 33 научно-педагогические школы.
С целью интеграции научного, образовательного и производственного процессов в вузе сформирована современная система научно-исследовательских, инновационных и внедренческих структур: 127 научно-исследовательских лабораторий и центров, в том числе 5 центров коллективного пользования, а также центр трансфера технологий, центр молодежного инновационного творчества, 7 молодежных инновационных центров, 10 студенческих конструкторских бюро.
Университетом обеспечивается многоканальность финансирования научных исследований. Вуз является лидером ряда государственных и региональных научно-технических программ, что позволяет реализовывать полный инновационный цикл при создании научно-технических и образовательных продуктов. Учеными вуза ежегодно реализуется более 50 грантов международных и российских фондов. Объемы НИОКР, выполненных вузом за последние 5 лет, составили 1,5 млрд руб. Доля финансирования договоров по заказам предприятий реального сектора экономики в общем объеме НИОКР составляет 72%.
Укрепляется интеграция с ведущими исследовательскими центрами и научными школами России, расширяется сотрудничество с университетами и предприятиями Великобритании, Германии, Финляндии, Китая, Венгрии, Швеции, Бельгии и ряда других стран мира через выполнение совместных проектов и программ.
МГУ им. Н.П. Огарёва является участником 12 технологических платформ и служит базовой научной площадкой для реализации ключевых проектов в рамках инновационных территориальных кластеров «Энергоэффективная светотехника и интеллектуальные системы управления освещением» и «Волоконная оптика и оптоэлектроника». Университет является резидентом АУ «Технопарк-Мордовия».
Университет, развивая инфраструктуру инновационной деятельности, активно включает в хозяйственный оборот объекты интеллектуальной собственности. Вуз имеет более 150 поддерживаемых патентов, ежегодно получает более 60 охранных документов на объекты интеллектуальной собственности. В целях коммерциализации разработок ученых университета заключено более 30 лицензионных договоров. Инновационный пояс университета насчитывает 25 малых инновационных предприятий.
В вузе функционируют 11 диссертационных советов. Ежегодно университет является организатором более 40 всероссийских и международных конференций. Ведущие научные коллективы вносят весомый вклад в получение новых естественнонаучных, гуманитарных и научно-технических знаний через подготовку монографий, учебников и учебных пособий для студентов и учащихся школ, сборников научных трудов, энциклопедической и другой литературы. Сотрудниками университета ежегодно публикуется более 5,5 тыс. статей, в том числе более 300 в зарубежных изданиях; более 80 монографий.
Вузом издается 16 научных журналов, в том числе 7 из перечня рецензируемых научных изданий, реферируемых ВАК: «Интеграция образования», «РЕГИОНОЛОГИЯ REGIONOLOGY», «Инженерные технологии и системы» и международный научный журнал «Финно-угорский мир», «Экономическая история», «Гуманитарий: актуальные проблемы науки и образования», «Журнал Средневолжского математического общества».
В университете активно развивается молодежная наука. Обучающиеся ежегодно публикуют более 1500 статей, более 100 студентов отмечаются дипломами и грамотами на различных конкурсах и конференциях, более 80 студентов получают стипендии Президента Российской Федерации, Правительства Российской Федерации и Главы Республики Мордовия. Молодые ученые вуза стали обладателями 171 гранта программы «УМНИК» Фонда содействия развитию малых форм предприятий в научно-технической сфере.
На базе факультетов (институтов) университета ежегодно проводятся 3 Всероссийские студенческие олимпиады и конкурсы по специальности. С 2012 года ежегодно в вузе реализуется программа развития деятельности студенческих объединений «Студенческие объединения как креативная составляющая научно-образовательного процесса в национальном исследовательском университете». Развитие студенческой науки в вузе позволило провести в 2016 г. Всероссийский съезд молодежных научных и конструкторских объединений.