В 1991 г. на базе всех сельскохозяйственных специальностей университета организован Агропромышленный институт как структурное подразделение вуза. В 1994 г. был создан Аграрный институт.

Институт осуществляет подготовку студентов по направлениям бакалавриата «Агрономия», «Зоотехния», «Технология производства и переработки сельскохозяйственной продукции», «Ландшафтная архитектура» и по специальности «Ветеринария».

В институте 6 кафедр: почвоведения, агрохимии и земледелия, ветеринарной патологии, зоотехнии имени профессора С.А. Лапшина, технологии производства и переработки продукции животноводства, технологии производства и переработки продукции растениеводства.

Функционируют морфологический музей, музей ветеринарной патологии, музей почвоведения, ветеринарная клиника, межкафедральные научно-исследовательские лаборатории гистофизиологии, зоотехнического и агрономического анализа, испытательная лаборатория качества биологических объектов, кормления сельскохозяйственных животных и птицы при НИИ «Агрокомплекс», информационно-консультативный центр «Агро».