Институт физики и химии образован в 1994 г. на базе химического и физического факультетов, открытых в Мордовском университете соответственно в 1970 и 1974 гг. Сегодня ИФХ – одно из крупных учебно-научных подразделений Мордовского госуниверситета.

В настоящее время Институт физики и химии осуществляет прием абитуриентов на специальности «Радиоэлектронные системы и комплексы», «Фундаментальная и прикладная химия» и направления подготовки бакалавриата «Физика», «Химия, физика и механика материалов». Выпускники бакалавриата имеют возможность продолжить свое образование в магистратуре по направлениям «Физика» и «Химия». Продолжается подготовка студентов по специальностям «Физика», «Химия», «Радиотехника». На дневном, вечернем и заочном отделениях Института обучаются более 600 студентов. Учебный процесс в Институте осуществляют 90 преподавателей, в том числе 11 профессоров.

С 2002 г. на базе института проходит ежегодная Всероссийская научная конференция с элементами научной школы для молодежи «Материалы нано-, микро– и оптоэлектроники и волоконной оптики: физические свойства и применение».

Институт механики и энергетики, созданный на базе факультета механизации и электрификации сельского хозяйства, является учебным и научным центром, который обеспечивает фундаментальную университетскую подготовку по многоуровневой системе с учетом инновационных условий развития экономики и обеспечивает интеграцию сфер образования, науки и производства. В составе работают восемь кафедр, преподают 20 докторов наук, профессоров и 55 кандидатов наук. Институт осуществляет подготовку бакалавров и магистров по направлениям «Агроинженерия» и «Теплоэнергетика и теплотехника», бакалавров по направлению «Сервис», «Электроэнергетика и электротехника», «Техносферная безопасность». В России по данным направлениям подготовки нет ни одного вуза, имеющего статус национального исследовательского университета. В институте имеются аспирантура и докторантура, функционирует диссертационный совет по защите кандидатских и докторских диссертаций по следующим специальностям: «Технологии и средства механизации сельского хозяйства», «Технологии и средства технического обслуживания в сельском хозяйстве».

Архитектурно-строительный факультет ведет историю с 1957 г., когда в университете был открыт инженерно-технический факультет. В 1962 г. состоялся первый выпуск инженеров-строителей по специальности «Промышленное и гражданское строительство», и в том же году был организован строительный факультет. Постепенно были открыты специальности «Автомобильные дороги и аэродромы», «Городское строительство и хозяйство», «Архитектура», «Дизайн архитектурной среды», «Искусство интерьера», «Экономика и управление на предприятии (в строительстве)». Строительный факультет был переименован в архитектурно-строительный.

Факультет биотехнологии и биологии берет начало от химико-биологического отделения, организованного в 1931 г. Самостоятельную жизнь факультет начал в 1974 г. В его структуру входят ботанический сад, биологический музей и биологическая станция.

На факультете обучаются более 800 студентов по специальностям и направлениям подготовки бакалавров и магистров «Биология», «Биотехнология», «Биоинженерия и биоинформатика». На пяти кафедрах, имеющих филиалы на ряде предприятий республики, преподают 8 докторов и 35 кандидатов наук. Ученые-биологи факультета – авторы и редакторы Красной книги Республики Мордовия.

Факультет работает в рамках приоритетных направлений развития (ПНР-I, ПНР-II) Национального исследовательского МГУ им. Н. П. Огарёва.

История географического факультета начинается с 1966 г., когда на историко-филологическом факультете была открыта специальность «География» и набрана первая группа студентов-географов. Как самостоятельное подразделение географический факультет оформился в 1982 г. Ныне он ведет подготовку более 700 студентов по направлениям «География», «Экология и природопользование», «Картография и геоинформатика», «Туризм», «Землеустройство и кадастры». На факультете работают 5 докторов и 38 кандидатов наук. В структуре факультета 6 кафедр, Научно-производственный центр экологических исследований, НИИ экологии, минералогический музей и метеорологический пост. В 2011 г. созданы лаборатория аэрокосмических методов и лаборатория геоинформационных систем.

Математический факультет был образован в 1970 г. в результате разделения физико-математического факультета. Сегодня в состав факультета математики и информационных технологий входят 5 кафедр, где преподают 8 докторов и 64 кандидата наук; НИИ математики; несколько исследовательских лабораторий. На направлениях подготовки «Математика», «Прикладная математика и информатика» и «Фундаментальная информатика и информационные технологии» обучаются более 400 студентов. На базе факультета функционируют Средневолжское математическое общество и совет по защите кандидатских и докторских диссертаций. Кафедры факультета математики и информационных технологий: алгебры и геометрии; прикладной математики, дифференциальных уравнений и теоретической механики; математического анализа; систем автоматизированного проектирования; фундаментальной информатики.

Институт образован в 2016 г. путем объединения Факультета электронной техники и Светотехнического факультета.

Факультет электронной техники организован в 1962 г. Подготовка ведется по пяти направлениям: «Электроника и наноэлектроника», «Инфокоммуникационные технологии и системы связи», «Электроэнергетика и электротехника», «Информатика и вычислительная техника», «Приборостроение». На факультете 4 кафедры, где работают 5 докторов и 39 кандидатов наук. Студенческий контингент – более 700 человек, функционирует студенческое конструкторское бюро. На базе факультета электронной техники действует самый известный в городе студенческий клуб «Элис».

Светотехнический факультет является единственным в России факультетом данного профиля. Он создан в 1971 г. За годы существования факультет выпустил свыше 7 000 инженеров. Подготовка специалистов ведется по следующим направлениям: «Электроника и наноэлектроника» с профилем подготовки «Светотехника и источники света»; «Стандартизация и метрология» с профилями подготовки «Метрология и метрологическое обеспечение» и «Стандартизация и сертификация»; «Сервис» с профилем подготовки «Информационный сервис». На пяти кафедрах факультета преподают 8 докторов и 29 кандидатов наук, обучаются более 700 студентов. Здесь функционируют Светоцентр, НИИ «Человек и свет», курсы повышения квалификации по метрологии.

Институт национальной культуры (ИНК), созданный в 2006 г. на базе факультета национальной культуры, функционировавшего в МГУ им. Н. П. Огарёва с 1991 г., – один из ведущих образовательных, научно-исследовательских, творческих центров подготовки кадров в области культуры и искусства, а также возрождения, сохранения и развития в современном обществе духовных традиций народов России, самобытных явлений полиэтнической культуры финно-угорских народов. В институте действует многоуровневая система подготовки кадров в области культуры и искусства. Функционируют отделения среднего, высшего, послевузовского (аспирантура, докторантура) и дополнительного образования. Абитуриентам, поступившим в институт после 9 класса и получившим среднее профессиональное образование, предоставляется возможность поступить на отделение высшего профессионального образования без сдачи ЕГЭ, а при условии успешного освоения программы – окончить вуз в сокращенные сроки. В настоящее время в ИНК обучаются свыше 1 000 человек. Направления бакалавриата: «Библиотечно-информационная деятельность» (очная, заочная), «Дизайн» (очная), «Искусство народного пения» (очная), «Народная художественная культура (декоративно-прикладное творчество) (очная), «Народная художественная культура (хореография)» (очная), «Реклама и связи с общественностью» (очная, заочная). Специальности среднего профессионального образования (на базе основного общего образования): «Дизайн», «Декоративно-прикладное искусство и народные промыслы» (очная), «Народное художественное творчество: «Театральное творчество» (очная), «Хореографическое творчество» (очная)», «Сольное и хоровое народное пение» (очная), «Реклама» (очная). Магистратура по направлениям «Культурология» и «Дизайн» (очная, заочная).

Филологический факультет – один из старейших в Мордовском университете. Он ведет свою историю со дня основания МГУ им. Н. П. Огарёва. Факультет знаменит педагогами – долгое время кафедрой русской и зарубежной литературы руководил ученый с мировым именем М. М. Бахтин. В настоящее время 8 кафедр факультета осуществляют подготовку кадров по двум направлениям – «Филология» и «Журналистика». Здесь преподают 26 докторов и 51 кандидат наук, обучаются около 700 студентов.

Развивающейся республике, взявшей курс на технологический прогресс, нужны лингвисты-переводчики и лингвисты-преподаватели нового поколения, т.е. специалисты с глубоким знанием нескольких иностранных языков, с опытом работы и учебы за границей, с хорошо развитыми коммуникативными способностями. Именно таких специалистов готовит наш факультет, располагающий компьютерными и лингафонными лабораториями, интернет-классами и современными лекционными аудиториями. Факультет является координатором международного образовательного проекта ТЕМПУС IV, реализация которого позволяет осуществлять подготовку преподавателей английского языка в соответствии с европейскими стандартами. Наши студенты – активные участники международных студенческих программ обмена со странами Европы и США.Факультет иностранных языков имеет полувековую историю. Созданный в 1952 г., он всегда имел мощный потенциал и яркую индивидуальность.В настоящее время в структуре факультета пять кафедр: английской филологии, немецкой филологии, романской филологии, теории речи и перевода, английского языка для профессиональной коммуникации. На факультете иностранных языков работают более 100 преподавателей, из них 9 докторов наук, профессоров и более 60 кандидатов наук, доцентов. ФИЯ – ассоциированный член Союза переводчиков России, УМО по классическому университетскому образованию в области лингвистики и филологии, Национальной ассоциации преподавателей английского языка, Международной ассоциации преподавателей немецкого языка, Всероссийского общества французского языка.

В 1991 г. на базе всех сельскохозяйственных специальностей университета организован Агропромышленный институт как структурное подразделение вуза. В 1994 г. был создан Аграрный институт.

Институт осуществляет подготовку студентов по направлениям бакалавриата «Агрономия», «Зоотехния», «Технология производства и переработки сельскохозяйственной продукции», «Ландшафтная архитектура» и по специальности «Ветеринария».

В институте 6 кафедр: почвоведения, агрохимии и земледелия, ветеринарной патологии, зоотехнии имени профессора С.А. Лапшина, технологии производства и переработки продукции животноводства, технологии производства и переработки продукции растениеводства.

Функционируют морфологический музей, музей ветеринарной патологии, музей почвоведения, ветеринарная клиника, межкафедральные научно-исследовательские лаборатории гистофизиологии, зоотехнического и агрономического анализа, испытательная лаборатория качества биологических объектов, кормления сельскохозяйственных животных и птицы при НИИ «Агрокомплекс», информационно-консультативный центр «Агро».

Историко-социологический институт (ИСИ) начал свое становление и развитие с 1934 г., когда в составе университета впервые появился исторический факультет, ставший альма-матер для таких специальностей, как «История», «География», «Юриспруденция». В 1995 г. на базе исторического факультета создан новый, динамично развивающийся центр гуманитарной науки и образования – Историко-социологический институт.На сегодняшний день ИСИ является лидером гуманитарной науки и образования Республики Мордовия и Поволжья. Он активно сотрудничает с российскими и зарубежными вузами, привлекает ведущих специалистов для подготовки студентов, проводит многочисленные научные конференции, семинары, круглые столы, стажировки и др., создавая, тем самым, эффективное научно-образовательное пространство для реализации профессионального и личностного роста студентов.
Непрерывное развитие профессионального и личного становления студентов осуществляют 9 кафедр, на которых работают 36 докторов и 106 кандидатов наук, а также многочисленные научные и образовательные центры и школы. На сегодняшний день студентами ИСИ являются более 1000 человек. 

Медицинский институт был открыт в 1967 г. В 2012 г. Медицинский институт отметил 45-летие. В настоящее время здесь обучаются свыше 2000 студентов, в том числе из Германии, Украины, Белоруссии, Туркменистана, Таджикистана, Армении, Азербайджана, Индии, Пакистана, Сирии, Ирака, Египта, Танзании, Йемена, Шри-Ланки, Судана, Эфиопии и других государств.На 20 кафедрах и 27 курсах работают 214 преподавателей, в том числе 38 докторов и 165 кандидатов наук. В институте действуют 5 признанных в России и за рубежом научных школ, 2 докторских диссертационных совета, анатомический музей, центральная научно-исследовательская лаборатория. На базе клиник созданы научно-клинические центры: клинической иммунологии, эфферентной и квантовой гемокоррекции, озонотерапии и др.

Экономический факультет был создан в июне 1969 г. В настоящее время факультет известен как ведущий центр экономического образования Республики Мордовия. Образовательную и научную работу на факультете ведут 188 преподавателей, в числе которых 29 докторов наук, профессоров и 141 кандидат наук.На факультете обучаются около 3000 студентов. Осуществляется подготовка кадров по следующим направлениям бакалавриата: «Менеджмент», «Управление качеством», «Экономика», «Государственное и муниципальное управление», «Бизнес­информатика», «Торговое дело», «Гостиничное дело» и специальности «Экономическая безопасность». На факультете открыта магистратура по направлениям «Менеджмент», «Экономика» и «Государственное и муниципальное управление», в рамках которых реализуется широкий спектр магистерских программ. 
В состав факультета входят 9 кафедр, лаборатория информационных технологий, центр практического обучения бухгалтеров, НИИ экономики, бизнес-­центр, научно­образовательный центр «Качество». Действует специализированный совет по защите докторских и кандидатских диссертаций.

Факультет был создан в 1978 г. Здесь функционирует 7 кафедр. Научный и педагогический потенциал факультета – 7 докторов и свыше 50 кандидатов наук. Более 1 500 студентов обучаются по направлению «Юриспруденция». На базе факультета действуют юридическая клиника, Центр европейского и международного права, Межрегиональный финно-угорский центр этноправоведения. Кафедры: государственного и административного права, теории и истории государства и права, уголовного права, криминалистики и криминологии, уголовного процесса, правосудия и прокурорского надзора, гражданского права и процесса, правовых дисциплин, международного и европейского права.

Институт был открыт в 1964 г. Ныне он готовит инженеров-механиков по профилям: «Технология машиностроения» и «Металлообрабатывающие станки и комплексы», а также экономистов-менеджеров по профилю «Экономика и управление на предприятии (в машиностроении)». Здесь обучаются около 1 000 студентов. Кафедры института имеют высокий научный потенциал – 52 преподавателя, из них 6 докторов наук, профессоров и 39 кандидатов наук, доцентов. РИМ – это вычислительный центр, библиотека, учебно-производственные мастерские, общежитие, столовая, спорткомплекс.

Ковылкинский филиал представляет собой многоуровневое учебное заведение с широким спектром образовательных услуг,в структуре которого 3 отделения (высшего, среднего и дополнительного профессионального образования); 3 кафедры(менеджмента организации, правоведения и общенаучных дисциплин). В образовательном процессе участвует 7 докторов наук профессоров и около 50 кандидатов наук доцентов. В филиале обучается 1500 студентов. За время своего существования Ковылкинский филиал подготовил свыше 2000 человек, формирующих основу высококвалифицированных кадров предприятий и организаций Ковылкинского, Кадошкинского, Инсарского, Краснослободского и Торбеевского районов Республики Мордовия.

Факультет довузовской подготовки и среднего профессионального образования – структурное подразделение университета. На подготовительных курсах обучение ведется по математике, химии, биологии, физике, русскому языку и литературе, географии, истории, обществознанию, английскому, немецкому языкам. Кроме того, осуществляется подготовка студентов по программам среднего профессионального образования: «Программирование в компьютерных системах», «Экономика и бухгалтерский учет», «Право и организация социального обеспечения» и «Туризм».

Институт дополнительного образования (ИДО) образован в 2009 году на базе функционирующего с 1994 года Института повышения квалификации и переподготовки кадров (ИПКПК) МГУ им. Н.П. Огарева. В настоящее время ИДО является учебным, научным и методическим центром, осуществляющим подготовку специалистов в области экономической, правовой, индустриально-технологической, социально-психологической и управленческой деятельности. На базе Института дополнительного образования функционируют факультет экономики и финансов, управления и права, повышения квалификации преподавателей высших и средних специальных учебных заведений и инженерно-технологический факультет. Институт дополнительного образования включает также следующие подразделения, осуществляющие обучение слушателей по программам профессиональной переподготовки и повышения квалификации: отделение психологии и социальной работы, центр межъязыковых коммуникаций, центр дополнительного образования работников культуры и искусства, учебно-консультационный центр «Бухгалтер».