Центр проводит исследования лингвистических и литературоведческих, исторических и этнографических, культурологических и искусствоведческих проблем финно-угорских народов, публикует их результаты.
Межрегиональный научный центр финно-угроведения состоит из четырех секторов, выполняющих в соответствии с планом деятельности определенные функции.
Сектор филологии и журналистики исследует проблемы диалектологии эрзянского и мокшанского языков, изучает историю развития мордовских литературных языков (с 20-х гг ХХ в.), собирает и систематизирует фольклор мордовского народа, анализирует этническое самосознание и аспекты двуязычия мордвы в Республике Мордовия и местах ее компактного проживания на территории Российской Федерации, исследует литературный процесс финно-угорских народов Поволжья и Приуралья, проводит научную разработку вопросов взаимодействия этнокультуры финно-угорских народов в контексте средств массовой информации.
Сектор истории и этнографии изучает историю и традиционную культуру мордовского народа в Республике Мордовия и местах компактного проживания на территории Российской Федерации, осуществляет исследование современного состояния и фундаментальную научную разработку вопросов этнической истории мордовского и других финно-угорских народов, вырабатывает практические рекомендации органам государственной власти по совершенствованию национальной политики.
Сектор культуры и искусств исследует культурологические, этнографические, искусствоведческие материалы музыкальной, песенной, танцевальной культур, декоративно-прикладного творчества, театрального искусства, национального фольклора и мифологии, анализирует художественные процессы финно-угорской культуры, определяет механизмы внедрения этнокультурных традиций в учебный и воспитательный процессы высших и средних учебных заведений с целью формирования этнического самосознания личности в процессе освоения национальной культуры.
Редакционно-издательский сектор организует информационную поддержку научной деятельности Центра, осуществляет редакционно-издательскую подготовку и публикацию результатов исследований и иных научных материалов, издает научный журнал «Финно-угорский мир», посвященный проблемам изучения филологии, культуры и искусства, истории и этнографии финно-угорских народов.
В рамках межрегионального и международного научного сотрудничества центр работает с ведущими научными и образовательными организациями Венгрии – научным институтом «Collegium Fenno-Ugricum», организациями финно-угорских регионов Российской Федерации, в частности с Институтом языка, литературы и истории Карельского научного центра Российской академии наук (Карелия), Институтом языка, литературы и истории Коми научного центра Уральского отделения РАН (Коми), ФГБОУ ВО «Сыктывкарский государственный университет имени Питирима Сорокина» (Коми), ФГБОУ ВО «Петрозаводский государственный университет», ФГБОУ ВО «Удмуртский государственный университет», ФГБОУ ВО «Марийский государственный университет», Удмуртским институтом истории, языка и литературы Уральского отделения РАН, Обско-угорским институтом исследований и разработок (ХМАО), Финно-угорским культурным центром Российской Федерации (Коми), Ассоциацией финно-угорских университетов и др.