История кафедры педиатрии начинается с организации на медицинском факультете Мордовского госуниверситета в апреле 1971 года курса детских болезней. В 1982 году курс детских болезней был преобразован в кафедру детских болезней. Не менее важным этапом истории кафедры явилось открытие в 1986 году на медицинском факультете педиатрического отделения с ежегодным приемом 50 студентов. Первой заведующей кафедрой была Ольга Федоровна Крюкова, которая с апреля 1971 г. переведена из Министерства здравоохранения Республики Мордовия в Мордовский университет для организации курса (кафедры) детских болезней, которой заведовала до 1993 года. С 1993 по 2001 год кафедру педиатрии возглавляла Тамара Григорьевна Атясова. С 2001 года во главе кафедры стояла доктор медицинских наук, член-корреспондент РАН, профессор Лариса Александровна Балыкова. С 2023 года кафедрой заведует кандидат медицинских наук, доцент Елена Ивановна Науменко.

Кафедра педиатрии сегодня является одним из самых многочисленных коллективов Медицинского института. В состав кафедры входит 2 профессора, 8 доцентов, 3 старших преподавателя, 2 ассистента, на кафедре педиатрии трудятся 2 доктора наук, 9 кандидатов наук. Ежегодно на кафедре педиатрии проходят обучение более 400 студентов специальности «Лечебное дело» и около 250 студентов специальности «Педиатрия». За годы существования кафедры ее сотрудниками было опубликовано около 18 учебно-методических пособий, более 57 методических рекомендаций и указаний для студентов.

Основные направления научной деятельности кафедры педиатрии: «Совершенствование фармакотерапии в педиатрии», «Факторы риска заболеваемости и детской смертности».

Сотрудниками кафедры педиатрии опубликовано более 1000 научных работ в центральной и зарубежной медицинской печати. На кафедре педиатрии в течение 18 лет успешно работает студенческое научное общество. Под руководством опытных преподавателей студентами проводятся экспериментальные, клинические, эпидемиологические исследования по наиболее актуальным вопросам педиатрии. Ежегодно на кафедре защищается более 20 оригинальных студенческих научных исследований. На кафедре педиатрии с 1985 года открыто обучение в клинической ординатуре по педиатрии, с 2007 года в клинической ординатуре по специальности «Неонатология». За годы существования клинической ординатуры ее выпускниками стали более 70 специалистов, успешно работающих как в практическом здравоохранении, так и в научно-исследовательских учреждениях. С 2000 года на кафедре проводится обучение педиатров на базе Центра непрерывного медицинского профессионального образования Медицинского института. Кафедра педиатрии ежегодно организовывает научно-практические конференции для врачей, ежегодно проводится 5−7 конференций с приглашением ведущих ученых России.

Кафедра педиатрии активно сотрудничает с ведущими медицинскими вузами и НИИ России. Основной задачей сотрудники кафедры педиатрии считают всемерное развитие и укрепление службы охраны здоровья детей в Республике Мордовия.