На базе Мордовского университета 12 января 1979 г. создана патентная служба, 27 сентября 1991 г. она была преобразована в патентный отдел, а с 29 октября 2002 г. преобразована в отдел управления интеллектуальной собственностью. С 21 апреля 2022 г. отдел управления интеллектуальной собственностью входит в структуру Департамента инноваций, а с 18 октября 2023 г. — в структуру Центра трансфера технологий.

Основная цель отдела управления интеллектуальной собственностью — организация работы по выявлению, содействию в предоставлении правовой охраны, защите результатов интеллектуальной деятельности и средств индивидуализации для обеспечения эффективного использования инновационного потенциала университета, содействуя развитию изобретательской, рационализаторской и иной творческой деятельности работников и обучающихся, формируя имидж университета как ведущего центра науки Республики Мордовия.

В 2022 году Мордовский университет награжден дипломом гран-при в XII Всероссийском конкурсе «За вклад в развитие интеллектуальной собственности» в номинации «Лучшее предприятие по организации работы в области интеллектуальной собственности в научной и образовательной сфере».

По итогам работы отдела управления интеллектуальной собственностью университет занимает 52−56 позицию среди 90 вузов в рейтинге «Индекс изобретательской активности российских университетов 2020», подготовленным Аналитическим центром «Эксперт».