Отдел внутреннего контроля является структурным подразделением, ответственным за профилактику коррупционных и иных правонарушений в Университете. 
Отдел выполняет следующие функции:
- Разработка и актуализация проектов локальных нормативных актов по вопросам обеспечения экономической безопасности и противодействия коррупции в рамках деятельности Университета;
- Планирование, разработка и проведение контрольных мероприятий по обеспечению экономической безопасности деятельности Университета и по предупреждению коррупции;
- Подготовка, оформление и проведение проверочных мероприятий по выявленным фактам нанесения Университету материального, финансового и иного ущерба;
- Подготовка, оформление и проведение проверочных мероприятий по выявленным фактам коррупционных правонарушений;
- Организация, оформление и непосредственное проведение служебных проверок по выявленным фактам противоправной деятельности сотрудников Университета;
- Предоставление информации о благонадежности, платежеспособности, репутации деловых партнеров и контрагентов при заключении договоров и контрактов с Университетом;
- Взаимодействие с региональными, региональными и иными подразделениями правоохранительных органов по вопросам обеспечения экономической безопасности Университета и по вопросам противодействия коррупции;
- Проведение консультаций работников и обучающихся по вопросам соблюдения законодательства Российской Федерации в части экономической безопасности и противодействия коррупции, разъяснение локальных нормативных актов в целях недопущения причинения материального или финансового ущерба Университету;
- Прием и рассмотрение сообщений о случаях склонения работников к совершению коррупционных правонарушений в интересах или от имени иной организации, а также о случаях совершения коррупционных правонарушений работниками, конрагентами Университета или иными лицами;
- Разработка плана антикоррупционных мероприятий в Университете;.
- Обеспечение деятельности комиссии по вопросам противодействия коррупции в Университете