Основными документами, определяющими содержание, организацию и качество образовательного процесса, являются: основные профессиональные образовательные программы, разработанные с использованием профессиональных стандартов, учебные планы, расписание занятий, графики учебного процесса, экзаменационных сессий и др.
Все реализуемые на факультете биотехнологии и биологии образовательные программы соответствуют действующим образовательным стандартам, утвержденным Министерством науки и высшего образования Российской Федерации. каждая образовательная программа включает:
− учебный план;
− календарный учебный график;
− рабочие программы учебных предметов, курсов, дисциплин (модулей);
− оценочные и методические материалы;
− рабочие программы воспитания (для программ бакалавриата и программ специалитета);
− календарный план воспитательной работы (для образовательных программ бакалавриата, специалитета);
− формы аттестации.
В соответствии с ФГОС ВО каждая образовательная программа обеспечена учебно-методической литературой. Этому способствует активная деятельность преподавателей по подготовке и изданию учебно-методической литературы: учебники, учебные пособия, электронные издания.
На систематической основе на факультете ведется текущая учебно-методическая работа по:
–    обновлению основных профессиональных образовательных программ по всем направлениям подготовки;
–    обсуждению учебно-методических материалов, предоставленных преподавателями факультета и рекомендации их к изданию в печати и в электронном виде;
–    совершенствованию и разработке учебных планов в соответствии с требованиями ФГОС ВО, а также загрузке их в систему «1С: Университет»;
–    разработке и обновлению рабочих программ, учебно-методического обеспечения учебных дисциплин, фондов оценочных средств и практик;
–    обновлению тематики выпускных квалификационных, курсовых работ и проектов;
–    подготовке кафедр к экзаменационным сессиям;
–    осуществлению контроля за составлением расписания экзаменов и консультаций, графика выдачи дипломов выпускникам;
–    организации и проведению внутренних проверок готовности кафедр к новому учебному году;
–    организации и проведении Февральских педагогических чтений;
–    повышению качества учебно-методической работы кафедр и преподавателей и др.
На факультете биотехнологии и биологии в 2025-2026 учебном году реализуются следующие образовательные программы:
Очная форма обучения
06.03.01 «Биология» - (профили «Биохимия», «Биомедицина», «Биоэкология и природоохранная деятельность», с 2025 г. «Биохимия. Педагогическое образование (биология)» с присвоением двух квалификаций). Степень бакалавра. Срок обучения 4 года.;
06.04.01 «Биология» - степень магистра. Программа: «Биомедицина». Срок обучения 2 года.
06.05.01 «Биоинженерия и биоинформатика» - квалификация специалист Биоинженер и биоинформатик. Срок обучения 5 лет.
19.03.01«Биотехнология» - профиль «Промышленная биотехнология». Степень бакалавра.  Срок обучения 4 г.
19.04.01«Биотехнология» - степень магистра. Срок обучения 2 года. Программа – «Промышленная биотехнология».
Заочная форма обучения
19.03.01«Биотехнология» - профиль «Промышленная биотехнология». Степень бакалавра. Срок обучения 5 лет.
19.04.01 «Биотехнология» - степень магистра. Срок обучения 2,5 года. Программа «Промышленная биотехнология».