Вычислительная лаборатория факультета была создана в 1993 г. Ее первым заведующим являлся Г. А. Курносов. С 1994 г. по январь 2022 г. лабораторию возглавляла В. И. Черябкина. С февраля 2022 г. вычислительной лабораторией заведует Н. В. Дворянинова.

Вычислительная лаборатория обеспечивает учебный процесс средствами вычислительной техники, программным обеспечением и мультимедийными средствами для проведения лекций, лабораторных работ и практических занятий, а также самостоятельной работы студентов по дисциплинам учебного плана всех специальностей ФМиИТ.

В настоящее время лаборатория имеет в своём составе восемь классов, оснащённых современными компьютерами с необходимым программным обеспечением и с доступом в Интернет. В учебном процессе используются более 150 единиц вычислительной техники. Практически все компьютерные классы оснащены мультимедийными проекторами. Все классы объединены в единую локальную сеть факультета. Каждому студенту, магистранту, аспиранту и сотруднику факультета предоставляется персональная учетная запись для работы в сети. В лаборатории есть возможность для занятий лиц с ограниченными возможностями здоровья (с нарушениями опорно-двигательного аппарата).

Студенты и магистранты, работающие в вычислительной лаборатории, имеют возможность использовать в своей учебной и научной работе вычислительные кластеры производства компаний «Т-Платформы» и «HP» для проведения высокопроизводительных параллельных вычислений. Также имеется возможность использования технологии виртуализации для моделирования работы различных операционных систем и локальных сетей.