Кафедра госпитальной хирургии основана в 1971 году приказом Министерства высшего и среднего специального образования РСФСР № 384 от 17 сентября 1971 г. на базе 3 городской больницы, возглавил ее первый декан медицинского факультета профессор Г. Н. Сарайкин. В настоящее время кафедра располагается на базе многопрофильного государственного бюджетного учреждения здравоохранения Республики Мордовия «Республиканская клиническая больница № 4» (г. Саранск, ул. Ульянова, 32) и государственного бюджетного учреждения здравоохранения Республики Мордовия «Республиканская офтальмологическая больница» (г. Саранск, ул. Титова, д. 28).
С 1975 по 1985 г. заведующим кафедрой был заслуженный врач РСФСР и МАССР, доктор медицинских наук, профессор И. И. Клюев (1919-1985). С 1985 года по 2013 год кафедрой заведовал заслуженный деятель науки Российской Федерации и Республики Мордовия, заслуженный врач Республики Мордовия, лауреат Государственной премии Республики Мордовия, академик РАЕ, доктор медицинских наук, профессор И. Н. Пиксин. С 2013 года кафедрой госпитальной хирургии заведует кандидат медицинских наук, доцент В. И. Давыдкин. В разные годы на кафедре работали профессор В. К. Константинов, профессор А. А. Беляков, С. П. Бякин, доценты И. С. Капитанский, В. М. Сурин, С. А. Аксенов, В. С. Беликов, С.Н. Фомин, П. И. Шевяк, А.В. Макушкин, старшие преподаватели А. В. Телегин, В. И. Ромайкин, заведующие отделениями В. Ф. Бобков, Ю. С. Парфенов, В. Я. Семкин.
В настоящее время кафедра госпитальной хирургии является одной из ведущих в Медицинском институте. Кафедра имеет современную учебную, научно-исследовательскую и лечебно-консультативную инфраструктуру.
На кафедре работают 3 профессора, 12 доцентов и 5 ассистентов. Функционируют 3 студенческих научных кружка. Под руководством преподавателей ежегодно выполняются до 20 научно-исследовательских работ, которые в дальнейшем находят продолжение в виде диссертационных исследований. Ежегодно студенческие работы представляются на всероссийские и региональные конкурсы, на которых ряд работ отмечены медалями РАН и дипломами Минобрнауки России (руководители – проф. И. Н. Пиксин, проф. М.Д. Романов, проф. С. П. Бякин, доц. А. В. Вилков, доц. В.И. Давыдкин).
Преподаватели кафедры входят в состав Правлений ряда всероссийских и республиканских общественных организаций, комиссий, являются экспертами Рособрнадзора, Мордовского республиканского фонда обязательного медицинского страхования, членами коллегии Минздрава Республики Мордовия, экспертами территориального управления Росздравнадзора по Республике Мордовия, общественного совета пи Росздравнадзоре и др.
Клиническими базами кафедры являются государственные учреждения здравоохранения: государственное бюджетное учреждение здравоохранения Республики Мордовия «Республиканская клиническая больница № 4», государственное бюджетное учреждение здравоохранения Республики Мордовия "Мордовская республиканская центральная клиническая больница", государственное бюджетное учреждение здравоохранения Республики Мордовия «Республиканская офтальмологическая больница», травмацентр I уровня при ГБУЗ РМ "РКБ № 4", региональный сосудистый центр, государственное бюджетное учреждение здравоохранения Республики Мордовия «Поликлиника №4».
Преподавателями кафедры ведется большая лечебно-консультативная работа в базовых клиниках. Коллективом кафедры внедрены в клиническую практику ряд миниинвазивных лечебно-диагностических технологий в абдоминальной хирургии, оригинальных методик на щитовидной железе и органах брюшной полости, эфферентные и квантовые технологии и аутогемотрансфузия. Проводятся исследования по изучению патогенетических механизмов развития острой абдоминальной патологии, желудочно-кишечных кровотечений, внедрению миниинвазивных вмешательств в клинической хирургии, новых технологий лечения при нагноительных заболеваниях легких и плевры, механической желтухе. Продолжаются исследования по совершенствованию хирургической тактики при гнойных заболеваниях легких и плевры, хронической венозной недостаточности, переломах костей конечностей и патологии органа зрения.
На кафедре функционируют научная школа по эфферентно-квантовой гемокоррекции, аспирантура по специальностям 3.1.9 Хирургия, 3.1.5 Офтальмология, ординатура по специальностям 31.08.11 Ультразвуковая диагностика, 31.08.59 Офтальмология, 31.08.65 Торакальная хирургия, 31.08.66 Травматология и ортопедия, 31.08.67 Хирургия, 31.08.70 Эндоскопия. Кафедра располагает клинической лабораторией, оснащенной иммуноферментным и биохимическим исследовательскими комплексами. Имеется эндовидеохирургический лечебно-диагностический комплекс, позволивший впервые в Мордовии внедрить торакоскопические вмешательства при заболеваниях легких и плевры.
По результатам научных исследований защищено 5 докторских и 48 кандидатских диссертаций, получено 8 патентов и авторских свидетельств на изобретение, внедрено 37 новых методов диагностики и лечения. Издано 8 монографий, 21 учебно-методическое пособие. Профессора И. Н. Пиксин, М. Д. Романов, С. В. Аксенова осуществляют подготовку научно-педагогических кадров для вузов Поволжского федерального округа. За последние 10 лет проведены 5 всероссийских, 10 межрегиональных и свыше 15 республиканских конференций. Кафедра поддерживает творческие связи с ведущими хирургическими школами страны, профильными научно-образовательными и медицинскими центрами г. Москвы, Санкт-Петербурга, Н. Новгорода и других вузов России и Поволжья.
Курс травматологии и ортопедии организован в 1968 году. Организатором и первым руководителем его был проф. А. А. Беляков, затем доцент С. Н. Фомин. На курсе работали преподаватели С. А. Аксенов, И. С. Капитанский К. Д. Рузаев, В. М. Сергеев, В. С. Беликов. В настоящее время курс располагается на базе государственного бюджетного учреждения здравоохранения Республики Мордовия «Республиканская клиническая больница № 4» и имеет в своем составе 80 клинических коек. На курсе работают 2 доцента и 2 ассистента. Возглавляет курс доцент И. Ю. Ипполитов.
В структуре занятий широко используются инновационные методы обучения: игровое иммитационное моделирование, программированный тестовый контроль эффективности обучения и оценки усвоения знаний студентами, программированное обучение и обучающие программы на компьютерной технике. Сотрудниками курса для практического здравоохранения через клиническую ординатуру и клиническую интернатуру подготовлено свыше 130 врачей. Основное научное направление курса - оптимизация стационарного лечения и реабилитации при травмах конечностей.
Курс глазных болезней создан на базе республиканской офтальмологической больницы. Первым заведующим был проф. В. И. Балабанов, затем курсом руководила профессор М. П. Куликова. В настоящее время руководит курсом профессор С. В. Аксенова. Сотрудники курса преподают дисциплину «Офтальмология» для студентов 5 курса, ведут подготовку кадров в интернатуре и ординатуре по специальности «Офтальмология», в аспирантуре по специальности 3.1.5 Глазные болезни. Основное научное направление курса – оптимизация лечебной тактики при различной патологии органа зрения.