Кафедра госпитальной хирургии основана в 1971 году приказом Министерства высшего и среднего специального образования РСФСР № 384 от 17 сентября 1971 г. на базе 3 городской больницы, возглавил ее первый декан медицинского факультета профессор Г. Н. Сарайкин. В настоящее время кафедра располагается на базе многопрофильных республиканских клиник: Мордовской республиканской центральной клинической больницы (г. Саранск, ул. Победы, д. 14/4), Республиканской клинической больницы № 4″ (г. Саранск, ул. Ульянова, 32А), Республиканского онкологического диспансера (г. Саранск, ул. Ульянова, 32) и и Республиканской офтальмологической больницы (г. Саранск, ул. Титова, д. 28).

С 1975 по 1985 г. заведующим кафедрой был заслуженный врач РСФСР и МАССР, доктор медицинских наук, профессор И. И. Клюев (1919−1985). С 1985 года по 2013 год кафедрой заведовал заслуженный деятель науки Российской Федерации и Республики Мордовия, заслуженный врач Республики Мордовия, лауреат Государственной премии Республики Мордовия, академик РАЕ, доктор медицинских наук, профессор И. Н. Пиксин. С 2013 года кафедрой госпитальной хирургии заведует заслуженный врач Республики Мордовия, кандидат медицинских наук, доцент В. И. Давыдкин. В разные годы на кафедре работали профессора В. К. Константинов, С. П. Бякин, М. П. Куликова, В. И. Балабанов; доценты В. М. Сурин, В. С. Беликов, П. И. Шевяк, А. В. Макушкин; старшие преподаватели А. В. Телегин, В. И. Ромайкин, М. А. Морозов; заведующие отделениями В. Ф. Бобков, Ю. С. Парфенов, В. Я. Семкин, ассистент А. Н. Самаркина и др.

В настоящее время кафедра госпитальной хирургии является одной из ведущих в Медицинском институте. Кафедра имеет современную учебную, научно-исследовательскую и лечебно-консультативную инфраструктуру. На кафедре работают 2 профессора, 14 доцентов, 6 старших преподавателей и 10 ассистентов. Функционируют студенческий научный кружок. Под руководством преподавателей ежегодно выполняются до 20 научно-исследовательских работ, которые в дальнейшем находят продолжение в научных публикаций и докладов на конференциях. Ежегодно студенческие работы представляются на всероссийские и региональные конкурсы, на которых ряд работ были отмечены медалями РАН и дипломами Минобрнауки России (руководители — проф. И. Н. Пиксин, проф. М. Д. Романов, проф. С. П. Бякин, доц. А. В. Вилков, доц. В.И. Давыдкин).

Преподаватели кафедры входят в состав Правлений ряда всероссийских и республиканских общественных организаций, комиссий, являются экспертами Рособрнадзора, Фонда ОМС, экспертами территориального управления Росздравнадзора по Республике Мордовия, общественного совета при Росздравнадзоре и др.

Клиническими базами кафедры являются государственные учреждения здравоохранения: государственное бюджетное учреждение здравоохранения Республики Мордовия «Мордовская республиканская центральная клиническая больница», государственное бюджетное учреждение здравоохранения Республики Мордовия «Республиканская клиническая больница № 4», государственное бюджетное учреждение здравоохранения Республики Мордовия «Республиканская офтальмологическая больница», травмацентр I уровня при ГБУЗ РМ «РКБ № 4», региональные сосудистые центры № 1 и № 2, государственное бюджетное учреждение здравоохранения Республики Мордовия «Поликлиника № 4».

Преподаватели кафедры осуществляют лечебно-консультативную работу в базовых клиниках. Внедрены в клиническую практику ряд миниинвазивных лечебно-диагностических технологий в абдоминальной хирургии, оригинальных методик на щитовидной железе и органах брюшной полости, эфферентные и квантовые технологии и аутогемотрансфузия. Проводятся исследования по изучению патогенетических механизмов развития острой абдоминальной патологии, желудочно-кишечных кровотечений, внедрению миниинвазивных вмешательств в клинической хирургии, новых технологий лечения при нагноительных заболеваниях легких и плевры, механической желтухе. Продолжаются исследования по совершенствованию хирургической тактики при гнойных заболеваниях легких и плевры, хронической венозной недостаточности, переломах костей конечностей и патологии органа зрения.

На кафедре функционирует аспирантура по специальностям 3.1.9 Хирургия, 3.1.5 Офтальмология, ординатура по специальностям 31.08.11 Ультразвуковая диагностика, 31.08.59 Офтальмология, 31.08.65 Торакальная хирургия, 31.08.66 Травматология и ортопедия, 31.08.67 Хирургия, 31.08.70 Эндоскопия. Ежегодно для системы здравоохранения России и Мордовии кафедра готовит до 35 ординаторов, которые работают во всех субъектах страны, а также в странах Европы, Азии и Африки.

Кафедра располагает учебной лабораторией, оснащенной иммуноферментным комплексом. Имеется эндовидеохирургический лечебно-диагностический комплекс, позволивший внедрить торакоскопические вмешательства при заболеваниях легких и плевры. По результатам научных исследований защищено 5 докторских и 49 кандидатских диссертаций, получено 10 патентов и авторских свидетельств на изобретение, внедрено 37 новых методов диагностики и лечения. Издано 8 монографий, 25 учебно-методических пособия. Профессора М. Д. Романов и С. В. Аксенова, доцент В. И. Давыдкин осуществляют подготовку научно-педагогических кадров. За последние 10 лет проведены 5 всероссийских, 10 межрегиональных и свыше 15 республиканских конференций. Кафедра поддерживает творческие связи с ведущими хирургическими школами страны, профильными научно-образовательными и медицинскими центрами г. Санкт-Петербурга, Н. Новгорода, Белгорода и других вузов России и Поволжья.

Курс травматологии и ортопедии организован в 1968 году. Организатором и первым руководителем его был проф. А. А. Беляков, затем доцент С. Н. Фомин. В настоящее время курс возглавляет доцент И. Ю. Ипполитов. Преподавательский состав курса представлен 2 доцентами, 2 старшими преподавателями и 2 ассистентами. На курсе работали С. А. Аксенов, И. С. Капитанский К. Д. Рузаев, В. М. Сергеев, В. С. Беликов; заведующие отделениями В. В. Бровкин и Р. Р. Альмакаев, ассистент Мбеки Джошуа Ариемо. В настоящее время клинической базой курса являются государственное бюджетное учреждение здравоохранения Республики Мордовия «Мордовская республиканская центральная клиническая больница» и государственное бюджетное учреждение здравоохранения Республики Мордовия «Республиканская клиническая больница № 4». Основное научное направление курса — оптимизация стационарного лечения и реабилитации при травмах конечностей.

Курс офтальмологии создан на базе республиканской офтальмологической больницы. Первым заведующим был проф. В. И. Балабанов, затем курсом руководила профессор М. П. Куликова. В настоящее время руководит курсом профессор С. В. Аксенова. Сотрудники курса преподают дисциплину «Офтальмология» для студентов 5 курса, ведут подготовку кадров в ординатуре по специальности «Офтальмология», в аспирантуре по специальности 3.1.5 Глазные болезни. Из стен курса ежегодно выпускается до 12 врачей-офтальмологов для Центрального и Приволжского федеральных округов, а также стран ближнего и дальнего зарубежья. Основное научное направление курса — оптимизация лечебной тактики при различной патологии органа зрения.