В 1987 г. на базе двух подразделений — межфакультетской лаборатории биофизики и лаборатории промышленной микробиологии была создана новая кафедра — кафедра биотехнологии. Инициатором создания новой кафедры был Ревин В. В., который совместно с замминистра сельского хозяйства по переработке Кольбовым А. В. разрабатывал первые учебные планы новой специальности «Биотехнология».
Активную помощь в организации новой кафедры оказал ректор университета профессор Сухарев А. И. Поскольку кафедра создавалась для подготовки инженеров-биотехнологов, первым заведующим кафедрой был приглашен кандидат технических наук А. И. Котов, имевший большой опыт практической и руководящей работы на предприятиях микробиологической промышленности. К этому времени на кафедре сформировались и проводились исследования по трем основным направлениям, в том числе выполнялся первый грант в университете по теме «Влияние липидной фазы на функционирование ионтранспортных систем биологических мембран» (по заказу Государственного комитета по делам науки и образования; руководитель Ревин В. В.). Другие выполняемые темы — изучение биоповреждений материалов и изделий, вызываемых микроорганизмами (по заказу Министерства обороны; руководитель Котов А. И.) и поиск природных продуцентов пенициллиназы и изучение их устойчивости и изменчивости (по заказу Саранского завода медицинских препаратов; руководитель Прыткова Т. Н.).
После избрания в 1992 г. Ревина Виктора Васильевича на должность заведующего кафедрой биотехнологии получили новое развитие не только научно-исследовательские работы, но и методическая и материальная база для подготовки выпускников на специальности «Биотехнология». Несмотря на небольшой промежуток времени, кафедра биотехнологии сформировала высококвалифицированный профессорско-преподавательский состав, современный научно-технический потенциал.
С 1 сентября 2021 года в результате реорганизации от кафедры биотехнологии, биоинженерии и биохимии отделилась (образовалась) кафедра биоинженерии. Возглавлял кафедру биоинженерии с 1.09.2021 по 31.08.2022 г. и.о. зав. кафедрой к.б.н. Мокшин Е. В. С 1 сентября 2022 г. у кафедры скорректировалось название — кафедра биотехнологии, биохимии и биоинженерии.
C 1 ноября 2022 г. по 31 августа 2023 г. и.о. заведующего кафедрой биотехнологии, биохимии и биоинженерии — к.б.н. доцент Громова Н. В. С 1 сентября 2023 г. и по настоящее время и.о. заведующего кафедрой биотехнологии, биохимии и биоинженерии — к.б.н. Парчайкина М. В.
С 1 февраля 2025 года кафедра переименована в кафедру биотехнологии и биохимии.

В настоящее время на кафедре заключены договора с предприятиями Республики Мордовия, являющиеся отраслевыми партнерами (АО «Биохимик», ЛВЗ «Саранский» (ООО «МордовАлкоПром»), ООО Сыродельный комбинат «Ичалковский», ОАО Консервный завод «Саранский», ООО МПК «Атяшевский», АО Маслосырзавод «Починковский», ООО «Ромодановосахар») для прохождения производственных практик и сетевой формы обучения студентами всех направлений подготовки. Выпускники направлений подготовки 19.03.01 Биотехнология (бакалавриат) и 19.04.01 Биотехнология (магистратура) занимают востребованные и высокооплачиваемые должности: биотехнолога в научно-исследовательских институтах, инженера-биотехнолога на перерабатывающих предприятиях пищевой и микробиологической промышленности, фармацевтических и биотехнологических компаний при разработка новых лекарств, биологических препаратов и производстве медицинских продуктов. Поскольку в современном мире спрос на специалистов в области биохимии и биомедицины растет с каждым днем, с 2025 года на кафедре биотехнологии и биохимии ведется набор абитуриентов по направлению подготовки 06.03.01 «Биология» (бакалавриат), профиль Биохимия. Педагогическое образование (биология), благодаря чему студенты имеют уникальную возможность получить глубокие знания в области биохимии и биомедицины, с одной стороны, и педагогическое образование с другой. Помимо трудоустройства в профильных НИИ и исследовательских центрах (биотехнологических, фармакологических и фармацевтических), а также медицинских центрах и клинико-диагностических лабораториях, в фармацевтической сфере, на санитарно-эпидемиологических станциях, для студентов этого направления подготовки созданы условия с целью формирования компетентного педагога в области школьного биологического образования, обладающего способностью к постоянному развитию и инновационной деятельности в профессиональной сфере.

Внеучебная деятельность является неотъемлемой частью воспитания, личностного роста и всестороннего развития обучающихся. Участие студентов во внеучебной деятельности создает оптимальные условия для раскрытия их творческих способностей, разностороннего развития и самореализации личности, приобретения организаторских и управленческих навыков. Внеучебную работу на факультете организует и осуществляет заместитель декана по молодежной политике, преподаватель кафедры биотехнологии и биохимии Чудайкина Е. В. совместно с органами студенческого самоуправления (председатель студенческого совета входит в состав Ученого совета факультета). Воспитательная работа ведется по нескольким направлениям:

1. Осуществление гражданско-правового и патриотического воспитания.

2. Совершенствование работы органов студенческого самоуправления.

3. Пропаганда и формирование интереса к здоровому образу жизни среди студентов.

4. Организация свободного времени студентов в целях формирования навыков содержательного общения, расширения рамок культурного кругозора, воспитания, развития потребности в самообразовании и самовоспитании.

5. Продолжение вузовских и факультетских традиций.

Студенты принимают активное участие в различных конкурсах, концертах, поздравлениях, приуроченных к праздничным датам и занимают победные места. Интеллектуальное воспитание студентов является важным звеном в развитии личности студента. Студенты участвуют в интеллектуальных играх («Что? Где? Когда?», «Парламентские дебаты», «Брейн-ринг»), обсуждении научных статей в рамках проекта «Journal Club». Кафедра биотехнологии и биохимии следует принципу преемственности знаний и опыта исследовательской деятельности между преподавателями, аспирантами, магистрами, студентами старших и младших курсов за счет объединения их в группы, занимающиеся различными научными направлениями. Для первокурсников традиционно проводится экскурсия по лабораториям кафедры, что дает им возможность выбрать научное направление и заниматься научно-исследовательской деятельностью, начиная с первых лет обучения.

Студенты ежегодно организуют мероприятия, приуроченные ко Дню пожилого человека, Дню матери, акции «Новогоднее чудо» (посещение ветеранов факультета), благотворительная акция «Минута доброты» нуждающимся семьям и подопечным гуманитарного центра «Доброделание СПММ», участвуют в общеуниверситетской акции «Связь поколений» (приуроченная к месячнику пожилого человека). Кроме того, студенты факультета активно сотрудничают с детским домом «Солнышко» (Рузаевский р-н), проводят сбор средств для помощи больным детям, благотворительные концерты, дарят детям свое внимание и подарки.

Большое внимание уделяется популяризации физической культуры и спорта. Студенты факультета биотехнологии и биологии активно занимаются спортивными мероприятиями, ежегодно участвуют в «Кроссе Наций» и «Лыжне России», днях здоровья, а также в соревнованиях по настольному теннису, бадминтону, лыжным гонкам, волейболу, плаванию, баскетболу.

Таким образом, сочетание учебной, научной и внеучебной деятельности способствует формированию гармоничной личности студента с активной жизненной позицией, ориентированного на самореализацию в науке и профессиональной сфере.