Кафедра фармакологии основана в 1969 году. Первым заведующим кафедрой был Генденштейн Э. И., доктор медицинских наук, профессор. Под руководством Э. И. Генденштейна проводилась научно-исследовательская работа по изучению фармакологии сердечных гликозидов и средств, применяемых при нарушениях ритма, по результатам исследований выполнена 1 докторская и 10 кандидатских диссертаций.

   С 1988 по 2002 год кафедру возглавлял Костин Яков Васильевич, Заслуженный деятель науки РМ, доктор медицинских наук, профессор. С его именем связано формирование мощной научной школы фармакологов Мордовского государственного университета. Я. В. Костиным заложены основные научные направления развития кафедры, в том числе и направление по созданию и исследованию кардиотропных фармакологических препаратов, антиаритмических средств на основе четвертичных производных лидокаина. По результатам научных исследований под его руководством защищено 6 докторских и более 60 кандидатских диссертаций.

   С 2003 года заведующим кафедрой фармакологии является заслуженный деятель науки Республики Мордовия, доктор медицинских наук, профессор В. И. Инчина. На кафедре преподается общая и частная фармакология студентам 3 курса специальностей "Лечебное дело" и "Педиатрия" и клиническая фармакология студентам 6 курса. На кафедре работают 2 доктора медицинских наук и 5 кандидатов медицинских наук. Приоритетными направлениями в исследованиях кафедры являются разработка и внедрение в клиническую практику современных медицинских технологий профилактики и лечения социально-значимых заболеваний на основе отечественных фармпрепаратов с цитопротекторной активностью. На кафедре функционирует клиническая ординатура по специальности «Клиническая фармакология», аспирантура и докторантура по специальности «Фармакология, клиническая фармакология».

Учебные комнаты кафедры расположены в учебном корпусе № 12.