Организация анатомического музея была начата с первых дней работы кафедры анатомии медицинского факультета. Основателем анатомического музея является знаток анатомической техники и энтузиаст музейного дела доцент Русинов Аркадий Вениаминович. Им изготовлено значительное количество как отдельных препаратов, так и целых мумифицированных трупов. Под руководством профессора Иванова Н. М. была создана эмбриологическая и тератологическая коллекция анатомического музея, признанного одним из лучших в России. Немалый вклад в приумножение коллекции музея внесен преподавателями: профессором Л. А. Венедиктовым, доцентом С. Г. Сюваткиным, доцентом В. М. Бакайкиным, А. Е. Власовым, О. М. Семеновой, О. М. Волгаевым и другими сотрудниками и студентами. Наряду с препаратами, демонстрирующими строение тела взрослого человека, в анатомическом музее представлены препараты, посвященные возрастной анатомии, эмбриональному развитию органов и систем, а также аномалии развития (раздел «Тератология»). По словам профессора Н. М. Иванова: «Анатомический музей является постоянно „раскрытым атласом“, в котором можно видеть естественную форму органов, их топографические взаимоотношения, строение отдельных деталей органов». Также в экспозиции представлены электрифицированные стенды и наглядные пособия по опорно-двигательному аппарату, сердечно-сосудистой системе, лимфатической системе, нервной системе и другие. Большой зал анатомического музея украшают копия картины Рембрандта «Урок анатомии доктора Тюльпа», написанная студентом М. Шумкиным, а также портреты известных ученых-анатомов (от древности до современности), написанные студентом Е. Клюевым. Анатомический музей в разные годы посещали ведущие отечественные (академик Е. В. Шмидт, профессор Н. В. Крылова) и зарубежные ученые (профессор Г. Гуски, профессор Ц. Наварро). Они отмечали редкость представленных анатомических препаратов и высокое мастерство препарирования. В книге отзывов музея также имеются благодарственные отзывы гостей и делегаций из Германии, Великобритании, Сербии, Болгарии, Индии, Шри-Ланки, Китая, Филиппин, Ирана, Туниса, Узбекистана, Киргизии и других стран.