Кафедра экологии и природопользования (до 1994 г. кафедра рационального природопользования) организована в ноябре 1991 г. С марта 1992 г. кафедру возглавлял доктор сельскохозяйственных наук, профессор А.В. Каверин. С сентября 2022 г. кафедрой руководит кандидат экономических  наук, доцент Д. А. Массеров. На кафедре работают 5 штатных и 3 внештатных преподавателя, в том числе 1 доктор наук, профессор, 4 кандидата наук, доцента. Кафедра является выпускающей по направлениям бакалавриата и магистратуры «Экология и природопользование». Преподаватели кафедры обеспечивают проведение занятий на географическом факультете по направлениям подготовки «Экология и природопользование», «География», «Картография и геоинформатика», «Землеустройство и кадастры». Важной особенностью в работе кафедры является то, что она ведет круг учебных дисциплин экологического цикла знаний во всем университете.

С 1999 г. на кафедре начата подготовка аспирантов по специальности «Охрана окружающей среды и рациональное использование природных ресурсов», с 2002 г. по специальностям «Экология» и «Геоэкология». Молодые кандидаты наук и аспиранты (в недалеком прошлом лучшие выпускники кафедры) к настоящему времени составляют основу её профессорско-преподавательского коллектива. За время существования кафедры защищены 2 докторские и 9 кандидатских диссертаций, опубликовано 7 научных монографий и более 600 научных статей.

Сотрудниками кафедры подготовлено более 25 учебных пособий, включая электронные. 
Научно-исследовательская деятельность коллектива кафедры сконцентрирована на следующем направлении – экологическая оптимизация использования энергетических, биологических, рекреационных и земельных ресурсов Республики Мордовия и других регионов Российской Федерации. 

С 2005 г. активно ведутся хоздоговорные НИР по проблемам обращения с опасными отходами производства и потребления. В 2010 г. начаты исследования по теме «Этническая окружающая среда и традиционное природопользование финно-угорских народов». С 2018 г. ведутся исследования по теме «Сельскохозяйственная эконология и пути ее применения в земельном планировании». 

За время существования кафедры экологии и природопользования подготовлено  около 1000 специалистов в области экологии и природопользования, которые востребованы и успешно работают в природоохранных службах предприятий, проектных институтах и научно-исследовательских организациях, в сфере экологического сопровождения и экспертизы проектов, мониторинга природной среды, в системе Министерства природных ресурсов Российской Федерации и Росприроднадзора.