Кафедра экологии и природопользования (до 1994 г. кафедра рационального природопользования) организована в ноябре 1991 г. С марта 1992 г. кафедру возглавлял доктор сельскохозяйственных наук, профессор А. В. Каверин. С сентября 2022 г. кафедрой руководит кандидат экономических наук, доцент Д. А. Массеров. На кафедре работают 5 штатных и 3 внештатных преподавателя, в том числе 1 доктор наук, профессор, 4 кандидата наук, доцента. Кафедра является выпускающей по направлениям бакалавриата и магистратуры «Экология и природопользование». Преподаватели кафедры обеспечивают проведение занятий в институте геоинформационных технологий и географии по направлениям подготовки «Экология и природопользование», «География», «Картография и геоинформатика», «Землеустройство и кадастры». Важной особенностью в работе кафедры является то, что она ведет круг учебных дисциплин экологического цикла знаний во всем университете.
На кафедре ведется подготовка аспирантов по научной специальности «Науки о Земле и окружающей среде (Геоэкология)». Молодые кандидаты наук и аспиранты (в недалеком прошлом лучшие выпускники кафедры) к настоящему времени составляют основу её профессорско-преподавательского коллектива. За время существования кафедры защищены 2 докторские и 9 кандидатских диссертаций, опубликовано 14 научных монографий и более 800 научных статей.
Преподаватели кафедры в разные годы организовывали учебные практики студентов на различных территориях, включая Южный Урал, Крым, Черноморское побережье Краснодарского края, Республику Карелия, оз. Байкал и другие страны ближнего зарубежья. Студенты проходят производственную практику на ведущих предприятиях Республики Мордовия.
Сотрудниками кафедры подготовлено более 25 учебных пособий, включая электронные. Научно-исследовательская деятельность коллектива кафедры сконцентрирована на проведении комплексных экологических исследований в регионе.
Кафедра имеет научное подразделение — научно-исследовательский институт экологии (НИИ экологии). НИИ экологии стала основной базой прохождения производственных практик для бакалавров и магистрантов для направления подготовки «Экология и природопользования» (до 50% контингента). Также на базе НИИ экологии проходят практику бакалавры и магистры по направлению подготовки «География» (до 10% контингента)
С 2005 г. активно ведутся хоздоговорные НИР по проблемам обращения с опасными отходами производства и потребления, научно-техническому обоснованию проектной документации в области охраны окружающей среды (рук. доцент А. В Кирюшин). В 2010 г. начаты исследования по теме «Этническая окружающая среда и традиционное природопользование финно-угорских народов». С 2018 г. ведутся исследования по теме «Сельскохозяйственная эконология и пути ее применения в земельном планировании». В 2022 г. успешно реализован грант фонда Владимира Потанина для преподавателей магистратуры по созданию нового онлайн-курса «Геоэкологические основы органического сельского хозяйства» (рук. профессор А. В. Каверин).
Сотрудники кафедры экологии и природопользования привлекаются в качестве экспертов и специалистов по вопросам обращения отходов производства потребления и экологической безопасности Межрегиональным управлением Росприроднадзора по Нижегородской области и Республики Мордовия и других государственных органов.
Кафедра участвует в качестве жюри муниципального и регионального этапа олимпиады школьников по экологии в Республике Мордовия.
На базе кафедры в 2023 г. создано бюро Мордовского республиканского отделения Общественной Российской экологической академии.
Кафедра активно сотрудничает в форме совместного проведения совещаний и круглых столов с комиссией по экологии и охране окружающей среды, вопросам местного самоуправления, развитию агропромышленного комплекса и сельских территорий Общественной палаты Республики Мордовия.
За время существования кафедры подготовлено более 1000 специалистов в области экологии и природопользования, которые востребованы и успешно работают в природоохранных службах предприятий, проектных институтах и научно-исследовательских организациях, в сфере экологического сопровождения и экспертизы проектов, мониторинга природной среды, в системе Министерства природных ресурсов Российской Федерации и Росприроднадзора.